Отношения с партнёрской программой стоит обсуждать до старта, а не в момент, когда деньги задержались.

Что выяснять заранее:
— что именно считается оплачиваемым действием: подтверждённая заявка или выкупленный заказ;
— срок удержания выплаты и от чего он отсчитывается;
— кто обрабатывает заявки и по какому скрипту;
— какие регионы и какие сроки доставки, есть ли исключения;
— как передаются статусы и с какой задержкой;
— что происходит с заказом, который не выкуплен, но и не возвращён.

Расхождение статистики — норма, а не признак обмана. Часть заявок дубли, часть не дозвон, часть меняет статус спустя недели. Ненормально другое: когда причины расхождения не объясняют или объясняют по-разному в разные дни.

И держите свой учёт, даже самый простой. Разговор, в котором вы можете назвать конкретные номера заказов и даты, идёт совсем иначе, чем разговор «у меня ощущение, что что-то не так».